Japón es un archipiélago conformado por más de tres mil islas que se extienden a lo largo de la costa asiática este del Océano Pacífico y en los archipiélagos de Ryukyu y Ogasawara. Las cuatro islas principales, de norte a sur, son Hokkaido, Honshu, Shikoku y Kyushu. La isla de Okinawa (600 km al sudoeste de Kyushu) les sigue en magnitud. Cerca del 73% del país es montañoso, cada isla cuenta con su cadena montañosa. La montaña más alta en Japón es el Monte Fuji (Fujisan), de 3.776 m de altura.

Le sigue Shiranesan, con 3.192 m de altura. Debido a que existe tan poco terreno llano en Japón, muchas colinas y laderas son aprovechadas en su totalidad para el cultivo. Como Japón se encuentra situada en una zona de mucha actividad volcánica resultan frecuentes temblores de pequeña magnitud y actividad volcánica ocasional. Terremotos destructivos ocurren varias veces cada siglo, resultando a menudo en tsunamis.