La ciudad fue fundada por los griegos en el siglo VIII a.C.

La leyenda cuenta que los marinos griegos que pasaban por la costa oriental de Sicilia olvidaron realizar sacrificios en honor a Neptuno, y él, encolerizado, les hizo naufragar. El único superviviente, Teocles, llegó al Capo Schico, próximo a Naxos, y volvió a Grecia para contar las maravillas de Sicilia, convenciendo a sus compatriotas para instalarse en la isla.

Una colonia griega se instala en Naxos en el siglo VIII a.C., y vivió e npaz hasta el 403 a.C. Tras esto los colones se exiliaron en el monte Tauro y foundaron Tauromenion, actual Taormina.

Aliada de Roma, se convirtió en la capital de la Sicilia bizantina tras la caída del imperio romano.

Fue Destruída con la llegada de los árabes, y fue reconstruída y dominada en 1079 por el normando Roger I de Sicilia (Roger de Hauteville). La ciudad alcanzó un largo periodo de prosperidad.